Die Verhandlungen der Bauern wurden vom Schwäbischen Bund solange hinausgezögert, bis sich deren Heer unter Führung von Truchsess Georg von Waldburg, dem "Bauernjörg" formiert hatte. Danach kam eine friedliche Einigung mit der Obrigkeit nicht mehr zustande. Die Bauern wurden nach den hinhaltenden Verhandlungen mit dem Schwäbischen Bund schließlich besiegt und zur Kapitulation gezwungen.
Ulrich Schmid entkam dem Tod durch die Flucht in die Schweiz. Erst im letzten Jahrhundert wurden die Bauern in Baltringen von allen Abgaben und Leistungen an ihre Herren befreit.
Im Jahre 1636 wütete in Baltringen die Pest, die Ortschaft war beinahe ganz ausgestorben.
1803 kam der Hauptteil des Ortes an Baden und der früher dem Kloster Heggbach gehörige Großzehnt an den Grafen von Plettenberg, 1806 wurde Baltringen württembergisch.
Neben der geschichtlichen Bedeutung des Ortes sind auch noch die "Baltringer Schichten" als Ablagerungen der Oberen Meeresmolasse in der Geologie erwähnenswert. Vor etwa 25 Millionen Jahren erstreckte sich eine etwa 100 km breite Meeresstraße vom Rhonebecken bis zum Wiener Becken. Eine regionale, vorübergehende Hebung ließ bei Baltringen eine grobe Standbildung entstehen, den Baltringer Muschelsandstein. Dieser harte Sandstein war lange Jahre hinweg ein bedeutender Baustein im Oberland.
In diesen Gesteinsschichten im Baltringer Steinbruch fand der heimische Geologe Pfarrer Dr. Probst (1823 - 1905) ca. 60.000 Haifischzähne von verschiedenen Haifischarten und sammelte diese. Die Sammlung Probst kann im Biberacher Braith - Mali Museum besichtigt werden.
Bis 1938 gehörte Baltringen zum Oberamt Wiblingen/Laupheim, seither zum Landkreis Biberach.